Salut,
Evidemment, comme je vais parler de la fin, inutile de dire que cela va spoiler et dévoiler l'aventure. Vous êtes prévenu.
Mon interprétation n'est peut-être pas exempt de tout défaut donc n'hésitez pas à commenter.
Préambule: le créateur du monde
Comme vous l'avez remarquez au cours du jeu, tout est histoire d'un "créateur" (un "Dieu") et de ses "créations" (demi-Dieu). On l'a peut être oublié mais la vidéo d'introduction donne pas mal de renseignement.
Que voit-on ? Un cité flottante, un garçon qui aime peindre un univers aquatique, etc. Des météorites arrivent, détruise un pont où est le petit garçon est présent
http://imageshack.us/f/215/aquaria2011122217453339.png/
Il tombe dans les profondeur de l'océan.
En ayant battu le boss de fin, on comprend (voir même avant si on est perspicace) que ce "créateur" n'est rien d'autre que le petit garçon. C'est lui qui en effet a créé les 13 "demi-Dieu" qu'on peut voir regroupé dans le dernier niveau (et via les différents boss):
http://imageshack.us/f/42/dieuxaquaria.jpg/
Sa dernière création, Mia (sa "création parfaite"), n'est rien d'autre que la mère de notre héroïne. On le découvre via les souvenir, notamment celui présent dans les abysses.
La personnalité du créateur 
On découvre la vie du créateur dans les ruines présente dans les abysses, on y retrouve d'ailleurs la statue de l'introduction (cf. première image).
Le créateur est visiblement quelqu'un de triste, il n'arrête pas de pleurer. On remarque qu'il a eu une enfance difficile, que ces petits camarades n'arrêtent pas de l'embêter (scène où l'on voit trois autres enfants, visiblement entrant de lui lancer des pierres), que seulement sa soeur (peut-être), la fille qui aime les plantes, et sa mère le réconforte. De sa mère, il se souvient (imparfaitement) surtout d'une mélodie qu'elle fredonnait.
Bref on l'a compris, le "créateur" était visiblement quelqu'un de seul, sans ami. Il s'est donc créé un propre univers via la peinture dans un premier temps pour palier à ce manque d'affection. Il s'est mis ensuite a aller plus loin en créant des statues notamment(scène où on nous demande, dans la cité englouti, de lui apporter des "boules" de matière).
Ses parents en avait visiblement assez, ils l’empêchèrent d'aller plus loin et cassait ses créations (scène où le boss casse la statue qu'il vient de créer, boss qui est en réalité... son père).
Une fois dans l'océan, plus rien ne l'empêcher de créer. C'est le manque d'affection qui le pousse. Il le rappelle d'ailleurs dans le dernier niveau en demandant à Naija de rester avec lui et de n'aimer que lui. Il est d'ailleurs jaloux du compagnon humain et n'arrête pas de le kidnapper.
Le monde et les "demi-Dieux" 
Au cours du jeu, on découvre les "ruines" de civilisation. Tous ont été créé par le "créateur" et tous on été un échec. Les habitants de Mithala ont fini en guerre civile en chassant "l'hérétique", les habitants du Temple du soleil ont fini par adorer plus le soleil que le créateur, etc. C'est assez bien expliqué dans le jeu.
De toutes ses créations, seule Mia (la mère de Naija) sort du lot. Sa "parfaite création"... Ce qu'il n'avait pas prévu, c'est que sa "parfaite création" allait se retourner contre lui.
La véritable situation de Naija 
Si vous avez récolté tous les "souvenirs", à la fin du générique, vous aurez droit de rencontrer votre mère. Ce qu'on apprend va retourner complètement la situation.
-C'est votre mère qui vous a effacé votre mémoire, ceci permettant de mieux vous manipulez pour vaincre le "créateur".
-Une fois le créateur vaincu, Mia veut maintenant conquérir la terre et le ciel, c'est-à-dire l'ancien monde du créateur. Naija refuse, elle ne veut plus tuer personne.
-Et c'est là que l'écran titre prend tout son sens : y avez vous fait attention ? Que voit-on ?
http://imageshack.us/photo/my-images/853/naijaprison.jpg/
-On y voit effectivement Naija prisonnière d'un cristal. Suite a son refus, sa mère l'a donc kidnappé et emprisonné. Encore une fois, elle a effacer sa mémoire. Cocasse n'est-ce pas ?
-L'histoire que l'on a vécu n'est en réalité qu'un rêve. Un rêve dans ses souvenirs. Ce qui explique que le " Game Over" nous montre Naija entrain de s'éveiller, comme après un cauchemar. Pour finalement se rendormir.
-Peut-être que la sauvegarde via des "cristaux" n'est pas étrangère à cet emprisonnement.
La suite ?
La dernière scène nous montre l'enfant de Naija. Et on comprend que celui-ci veut partir à la recherche de sa mère.
Malheureusement, vu la situation du studio Bit Blot et des deux concepteurs de Aquaria, la suite n'aura probablement jamais lieu.
Voila, si vous avez réussi a lire ce pavé, bravo à vous 
) Franchement j'en suis pas déçu! Il nous en faudrait plus des jeux comme ça!