C'est quoi ces interprétation à deux balles ? 
Déjà, on ne sait pas ce qu'aurait voulu Ellie. Personne lui a demandé son avis. Donc on ne peut pas savoir si elle l'aurait été.
Ensuite, même avec l'opération, la garantie de réussir à faire un vaccin n'était pas du tout certaine (le médecin qu'on trouve à l'université le dit bien que c'est peine perdue).
Et surtout, Ellie n'est pas un simple substitue à Sarah... on n'est pas dans un truc psychologique à la mord moi le nœud vu et revu ; les liens qu'ils ont sont réels et forts (si elle était un substitue à Sarah ça aurai pu être n'importe qui plutôt qu'elle alors que là elle existe pour elle même).
Il y a en effet une petite partie sans doute de substitue (ou plutôt de "remplacement" : un pansement qui permet enfin de guérir la perte de Sarah).
Mais il y a plus. après tout ce qu'il on vécu, ils ont créé de vrai liens puissants entre eux ; et Ellie est devenue la seule raison de continuer à se battre pour Joel (comme il le dit indirectement dans le dialogue final).
C'est la fameuse idée - message très important dans une époque individualiste comme la notre - de l'importance d'avoir au moins un être à aimer et sans qui "tout est dépeupler". C'est tout à fait cela ici : sans Ellie, la vie n'aurait plus d'intérêt pour Joel.
(D'ailleurs, je dirais même qu'elle est un pharmakon puisqu'elle est à la fois le poison et le remède dans le sens où tout en lui redonnant l'espoir et la force de se battre et vivre, en lui redonnant une personne à aimer elle lui rappelle en même temps sans cesse la perte de Sarah... d'où le fait qu'il rechignait tant à faire cette mission, ça se voit ; et aussi pourquoi il a voulu se "débarrasser" d'Ellie en la confiant à Tommy.)
De plus, le choix qu'il fait, vous le jugez moralement alors qu'il n'y a pas d'histoire de moralité (pas d'axiologie morale dans TLOU, c'est ce qui en fait toute sa saveur aussi) : il n'est pas "méchant" ou "égoïste" par ce choix. Je pense qu'à sa place, n'importe qui aurait fait ce choix. Après tout ce qu'il a fait pour ramener Ellie (et d'autant plus qu'il s'est fortement attaché à elle), on le balance dehors sans remerciement (et sans lui donner les armes promises au départ d'ailleurs) et on lui dit qu'Ellie va mourir pour EVENTUELLEMENT (avec beaucoup de chance) réussir à mettre au point un vaccin...
Qui aurait servi à quoi ? Vraiment "sauver le monde" ou juste avoir le pouvoir sur les militaires ?
Et sauver qui ? Une bande de charognards sans foi ni loi ?
Mais mille fois j'aurais sauvé Ellie plutôt que de les laisser faire... Je ne vois pas en quoi c'est un choix "maléfique".
Parfois, quand je vois comment les gens ne réfléchissent pas et vont au plus simple, gâchant ainsi toute la richesse d'une œuvre si complexe et ne voyant pas tout ce qui est essentiel simplement pour placer leurs fantasmes et de bon vieux lieu commun ou des histoires qui les arrangent... ça me désole ! 
Ce moment 
