Dans Chain of Memories sur Game Boy Advance, qui se déroule juste après Kingdom Hearts, Naminé est manipulée par l'Organisation pour altérer les souvenirs de Sora. Elle se fait ainsi passer pour Kairi (plus ou moins) dans le but ultime de contrôler Sora. Cependant, elle rejoint le camp de Sora dés qu'elle peut échapper à l'emprise de l'Organisation, et Sora bat Marluxia qui avait le contrôle du Chateau Oblivion, permettant ainsi de rendre sa liberté à Naminé.
Elle entreprend ensuite de restaurer la mémoire de Sora, Donald et Dingo, mais le processus doit prendre une année, ce pourquoi elle les endort tous les trois. Ce reboot mémoriel fait aussi oublier Naminé aux trois héros, d'où le mémo "Remercier Naminé" de Jiminy qui lui est une sorte d'hommage.
Pour Roxas, étant donné qu'il est le simili de Sora, il détient une partie de sa mémoire, ce qui le rend indispensable à sa guérison. Cependant, Naminé est une simili et ressent de l'empathie pour Roxas, elle est attristée par le fait qu'il cessera simplement d'exister avec le rétablissement de Sora. Ansem sait que si Naminé parle à Roxas cependant, il risque de perdre le contrôle sur lui, ce qui compromettrait la guérison de Sora.
