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Le petit monstre, Kira, est encerclé par une équipe de 4 concurrents. Il bute l'un d'eux, mais alors le chef d'équipe (un ex-flic décide de le recruter (sachant qu'il peut y avoir maximum 4 vainqueurs dans cette bataille royale).

L'ami de Sakamoto qu'on voit à la fin de la saison 1 se rend sur l'île en hèlicoptère pour une maintenance du système de caléras (qu'il a lui même provoqué) et profite sur place pour donner quelques conseils à Sakamoto pour tricher. Pendant ce temps, il va essayer depuis le QG des producteurs de Btooom! d'aider à interrompre cette bataille royale.

Sakamoto et Himiko tentent un truc en accord avec : son ancien ami musclé et l'autre meuf qu'ils ont affrontés quelques jours plus tôt, la borgne ancienne joueuse et l'ancien champion qui lui a coupé la main. Ils donnent à l'ancien champion tous leurs cristaux pour qu'ils soient déclaré vainqueur et qu'un hélicoptère vienne le récupérer. Le plan échoue à cause du champion qui jusqu'au bout reste lâche et essaye de partir avec l'hélicoptère. Cet échec entraîne la mort de la coéquipière du mec musclé, celle de la borgne et de l'ancien champion.

Suite à cet échec, Sakamoto est tombé à la mer inconscient, et il se réveille à l'autre bout de l'île et sé fait accueillir par une équipe de 6 joueurs pacifistes. S'en suit un arc où l'arrivée de Sakamoto faisant monter le nombre du groupe à 7 pousse un des membres de la communauté à essayer de tuer tout le monde pour pouvoir gagner. Sakamoto et les 2 derniers membres de la communauté arrivent à le battre ensemble et ils décident de partir rejoindre Himiko pour former un groupe de 4.

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Le lendemain, l'arbitre de la bataille royale annoncequ'il ne leur reste que 24 heures pour boucler la bataille royale, c'est le début de l'arc final. De plus, il a été décidé que le stratagème pour détourner l'hélicoptère n'invalide pas le fait qu'il y a déjà eu un vainqueur. Seulement 3 personnes peuvent donc remporter cette bataille royale. En entendant cela, tout le monde est perturbé, et une scission se produit dans le groupe de Kira. Kira reste quand-même avec le flic parce qu'il l'aime bien.

Entretemps, Himiko rencontre le dernier participant inconnu du tournoi, qui n'est autre qu'un des violeurs qu'elle a fui dans l'épisode 2, dans les événements qui auront poussé une de ses amies à l'inscrire à cette bataille royale. Il a la particularité d'avoir déniché une mitraillette et d'avoir par hasard perdu son cristal, ce qui le rend indétectable par le radar de ses concurrents tant qu'il ne ramasse pas de cristaux. Elle se fait capturer. Au passage, il mitraille à mort l'ex-flic, ce qui fait re-sombrer Kira dans sa folie de tueur en série.

Quant à l'ami musclé de Sakamoto, il fait cavalier seul et devient déterminé à gagner pour aller retrouver sa mère aveugle.

Sakamoto tue par erreur une des deux personnes qu'il avait réussi à sauver du traître de la communauté et perd la raison pendant un temps, se persuadant qu'il est dans un vrai jeu.

Les producteurs de Btooom! ont décidé d'abréger en envoyant sur l'île un avion transportant une équipe de mercenaires (tous très clichés) qui pilotent des drones munis de mitrailleuses. Dans l'équipe, il y a une russe qui est en fait le joueur classé 1er mondial à Btooom!. Sakamoto la bat en affrontant son drone, et on apprend dans cette période qu'il est le vrai meilleur joueur du jeu depuis des mois malgré qu'il ne soit classé que 10ème mondial.

Kira finit par retrouver Himiko et arrête d'être fou. Kira finit également par se calmer et s'allie avec eux. Dans le bordel qui suit dans la nuit, une bande de "révolutionnaires" débarque en sous-marin sur l'île pour aider les participants, pendant que le père de Sakamoto et son ami infiltrés essayent de prendre d'assaut le QG de la compagnie derrière Btooom!. S'en suit toute la nuit une bataille entre le groupe de Sakamoto, les révolutionnaires et les drones.

Le lendemain matin, ils ont presque tous survécu, mais l'ami musclé de Sakamoto a kidnappé 2 participants blessés du groupe de Sakamoto, pour l'obliger à l'affronter en duel. Pour que le tournoi se termine, il suffit qu'il y ait 3 morts. Ils ne sont plus que 6 participants : Sakamoto, Himiko, Kira, les 2 blessés, et le dernier participant déterminé à tuer les autres. La tentative d'assaut du père et du pote de Sakamoto a échoué, donc tout dépend de ce combat à 3 VS 1. Néanmoins, les mercenaires sont toujours dans les parages à piloter des drones, cachés dans l'avion qui reste au-dessus de l'île.